Naja da wirst Du um serverseitiges Filtering nicht herumkommen. Ich hab auf meinem Root Server z.B. Spamassassin und ClamAV in meine MTA-Kette geschaltet, damit das Ganze serverseitig gefiltert wird (Markierung in Topic und Header und automatische Sortierung in die entsprechenden IMAP Spam Ordner).
Das klappt dann auch wunderbar mit dem iPhone.
Nichts anderes bieten Dir ja auch die meisten Webdienste. Bei Weiterleitungen und dergleichen wäre ich persönlich immer ein wenig skeptisch. Erlaubt der Anbieter deines eigentlichen Mail Accounts Dir kein Filtering, mit dynamischen Filterregeln (z.B. Verschiebung in IMAP Unterordner)? Ich dachte das sei mittlerweile state-of-the-art? Mein vserver bei Domainfactory macht das alles problemlos, hab ich auch paar Accounts, auf die ich per iPhone zugreife.
Aber groß anders kannst Du es ja kaum machen, wenn Du keine Kontrolle über den Server hast. Spam Filtering auf iPhone/Ipod Touchwäre ist mir bislang nicht bekannt und ja auch nicht sonderlich effizient, weil Du alles doppelt machen würdest und eine zweite Datenbank aufbauen müsstest.
Mein Vorschlag: Mach dir eben eine derartige Lösung per Weiterleitung. Zusätzlich richtest Du Dir den originalen Account von dem weitergeleitet wird auch ein und hast so immer noch Zugriff auf die ungefilterte Variante, falls eine erwartete Mail nicht ankommt. Wenn Du dann mit deinem Thunderbird die Mails filterst, sollte ja auch dieser 2t Account "aufgeräumt" werden. Ich nehme mal an Thunderbird kann das schon "online" und arbeitet nicht mit einer lokalen Kopie, was ja denn Sinn von IMAP ignorieren würde.
Edit: Deine Möglichkeit 1 finde ich unsinnig? Wenn Du die Mails eh erst in Thunderbird bearbeitest, reicht es doch den Filter einmal über den Account laufen zu lassen und der Müll ist wegsortiert? Wenn Dir das reicht und Du nicht Mails empfangen können musst, wenn der PC ausgeschaltet ist, ist das die einfachste Lösung... Filtern per Thunderbird und erst danach syncen.
Edit 2: Seh grad erst, dass Du oben "POP" schreibst und nur unten "IMAP" - was ist es denn nun? Falls POP, dann sorg dafür, dass Du den antiken Müll endlich los wirst, mittlerweile gibt es ja sogar IMAP Freemail...